Yayasan Fajar Baru lahir dari panggilan kasih dan iman yang tumbuh sejak karya para Suster PRR di Keuskupan Agung Jakarta. Sejak tahun 1989, para Suster PRR terlibat aktif dalam bidang pendidikan dan pendampingan pastoral, khususnya di Paroki Matraman. Pada masa itu, para suster berkarya di Komisi Kateketik KWI serta mengajar di Sekolah Dasar Yayasan Mardiwiyata, milik Paroki Matraman. Dalam perjalanan hidup dan karya tersebut, tumbuhlah kerinduan yang mendalam untuk menampung dan merawat anak-anak miskin, terlantar, dan dari keluarga broken home, agar mereka memiliki tempat tinggal yang aman, penuh kasih, dan memberi rasa at home. Dengan penuh iman, para suster menyerahkan niat ini dalam doa kepada Bunda Maria dan Santo Yosef, memohon agar Tuhan sendiri mempercayakan anak-anak-Nya kepada mereka. Doa itu dijawab pada tahun 1989,